La coproculture via un prélèvement de selles

La coproculture est un examen de biologie médicale essentiel pour diagnostiquer les infections digestives d’origine bactérienne (et parfois virale ou parasitaire). Lorsqu’un patient présente une diarrhée aiguë sévère, persistante, fébrile ou sanglante, ou qu’il revient de voyage, cet examen permet d’identifier l’agent pathogène en cause.

Dans cet article, le Laboratoire Bio Ard’Aisne vous explique :

• En quoi consiste précisément la coproculture,
• Pourquoi et quand elle est prescrite par le médecin,
• Comment réaliser correctement le prélèvement de selles à domicile,
• Quels sont les pathogènes recherchés et comment sont interprétés les résultats.

Qu’est-ce qu’une coproculture ?

Définition

La coproculture consiste à mettre en culture un échantillon de selles dans des milieux spécifiques pour rechercher la présence de bactéries pathogènes. L’examen est également appelé « examen microbiologique des selles » et englobe plusieurs étapes :

1. Le prélèvement des selles,
2. L’analyse macroscopique et microscopique (aspect, consistance, coloration de Gram, etc.),
3. La mise en culture dans le but d’isoler et d’identifier un éventuel germe infectieux,
4. L’antibiogramme, si un germe pathogène est trouvé, pour guider le choix du traitement antibiotique.

Elle est souvent prescrite avec d’autres analyses comme l’examen parasitologique des selles pour vérifier aussi la présence de parasites.

Pourquoi cet examen est-il important ?

• La coproculture permet de déterminer si une diarrhée ou un trouble digestif est d’origine bactérienne (par exemple Salmonella, Shigella, Campylobacter…) ou s’il est causé par d’autres facteurs (virus, parasites, maladie inflammatoire…).
• Elle oriente le médecin vers le traitement spécifique adapté, notamment via l’antibiogramme.
• Elle contribue à limiter la transmission de certaines infections (évictions scolaires, restrictions professionnelles, recherche de porteurs sains, etc.).

Pourquoi votre médecin a prescrit cet examen de la flore intestinale ?

La coproculture n’est pas systématique pour toutes les diarrhées (une grande partie sont d’origine virale et guérissent spontanément). En revanche, elle est indiquée dans plusieurs contextes :

• Diarrhées aiguës sévères ou persistantes : surtout si elles s’accompagnent de fièvre, de sang ou de glaires dans les selles.
• Suspicions de diarrhées nosocomiales (acquises à l’hôpital), ou post-antibiotiques (ex. suspicion de Clostridium difficile).
• Douleurs abdominales chroniques ou troubles digestifs inexpliqués : pour éliminer une infection bactérienne.
• Retour de voyage : surtout si le patient revient d’une zone à risque (Afrique, Asie, Amérique latine) et présente des symptômes digestifs.
• Suspicion de toxi-infection alimentaire collective : la coproculture identifie le pathogène en cause.
• Patients immunodéprimés ou fragiles (nourrissons, personnes âgées, patient en aplasie…) : la coproculture permet de s’assurer de l’absence de pathogènes dangereux pour ces populations à risque.
• Recherche de porteurs sains dans des contextes réglementaires (ex. personnel de la restauration).

À savoir : Certaines bactéries impliquent des mesures d’éviction scolaire pour les enfants atteints (ex. Shigella, Escherichia coli entérohémorragique). Le retour en collectivité exige alors deux coprocultures négatives à 24 h d’intervalle, au moins deux jours après l’arrêt du traitement.

Symptômes clés d’une infection digestive

Les infections digestives peuvent se manifester de diverses façons : diarrhées aiguës, douleurs abdominales, nausées, voire fièvre. Identifier rapidement ces signes d’alarme est essentiel pour limiter les complications et éviter la contamination d’autres personnes.

Signes d’alarme (douleurs, diarrhées persistantes, fièvre…)

Lorsque la diarrhée dure plus de 3 jours, qu’elle s’accompagne d’un état fébrile, de sang dans les selles ou de douleurs abdominales intenses, il est important de se rapprocher du professionnel de santé.

Pourquoi un examen précoce permet de mieux traiter les infections

Plus tôt la coproculture est réalisée, plus il est facile de détecter précisément l’agent pathogène en cause et de mettre en place un traitement ciblé. Un diagnostic précoce limite également la propagation des germes dans l’entourage familial, scolaire ou professionnel.

Comment réaliser le prélèvement de selles à domicile ?

Le prélèvement des selles est une étape cruciale. Des consignes précises sont à respecter pour garantir la fiabilité de l’examen et la bonne conservation des échantillons.

Préparation avant le prélèvement

• Matériel : Un pot stérile avec spatule, un écouvillon (« grand coton-tige ») et un tube de transport. Tout cela est généralement fourni par le laboratoire. Il faudra ouvrir le pot au dernier moment, et faire bien attention à ne pas toucher l’intérieur du pot ou du couvercle.
  Le pot contient une spatule, qui permettra de récupérer directement une partie des selles, pour remplir le pot.
• Documents : Le laboratoire vous donnera également une fiche à remplir et une pochette à ramener en même temps que le pot et le tube.
• Traitements en cours : si vous prenez des antibiotiques ou des médicaments modifiant le transit (laxatifs, par exemple), signalez-le au laboratoire.
• Alimentation : en cas de coproculture programmée, il peut être conseillé de limiter la consommation d’aliments riches en fibres dans les jours qui précèdent le prélèvement, afin de ne pas perturber les résultats.

Recueillir les selles

1. Préparez-vous
   • Lavez-vous soigneusement les mains avant de commencer.
   • Urinez si besoin afin d’éviter toute contamination par l’urine.
2. Déféquez dans un récipient propre et sec
   • Utilisez, par exemple, une bassine, un seau ou une grande feuille de papier.
   • Évitez que les selles soient mélangées à l’eau des toilettes ou à tout produit d’entretien.
3. Prélevez rapidement différentes parties des selles
   • Servez-vous de la spatule fournie dans le pot stérile.
   • Prélevez des zones différentes : surfaces, parties molles, parties liquides si diarrhéiques, et éléments sanglants ou glaireux s’il y en a.
   • Remplissez au moins un tiers du récipient stérile (ou l’équivalent de 2 à 3 « noix » de selles).
4. Utilisez l’écouvillon
   • Retirez l’écouvillon et le tube du sachet.
   • Prélevez un peu de matière en tournant l’écouvillon dans les selles présentes dans le pot.
   • Insérez ensuite l’écouvillon dans le tube et cassez la partie supérieure qui dépasse (elle est sécable).
   • Refermez bien le tube en vissant le bouchon au maximum.
5. Refermez et identifiez
   • Fermez soigneusement le pot stérile.
   • Indiquez vos nom, prénom, date et heure sur le pot et sur le tube.
6. Complétez la fiche de renseignements
   • Renseignez les informations demandées (nom, prénom, contexte clinique, etc.).
   • Glissez cette fiche et votre ordonnance dans la poche latérale de la pochette fournie.
7. Placez le pot et le tube dans la pochette
   • Assurez-vous qu’ils soient bien fermés et étiquetés.
   • Ramenez l’ensemble au laboratoire dès que possible, selon les délais recommandés : 2 heures en cas de diarrhée, et sous 6 heures pour des selles plus dures.

Cas particuliers

• Adulte avec incontinence fécale : prélever les selles directement depuis la protection jetable (couche), en veillant à la fermer hermétiquement avant de l’acheminer.
• Patient porteur d’une stomie : recueillir une partie des matières fécales dans la poche de stomie à l’aide d’une spatule et remplir le pot stérile. Indiquez clairement « stomie » sur la feuille de renseignements.
• Nourrissons et jeunes enfants : le prélèvement peut se faire dans la couche ou via un écouvillonnage rectal. Les couches doivent être placées dans un sac plastique bien fermé avant transport.

Transport des échantillons au laboratoire

• En cas de diarrhée, veillez à ramener les prélèvements dans les 2 heures si possible.
• Pour des selles plus dures, un délai allant jusqu’à 6 heures peut être toléré.
• Si vous ne pouvez pas vous déplacer immédiatement, conservez les prélèvements au réfrigérateur (4 °C) et remettez-les au laboratoire au plus tard dans les 24 heures.
• Passé ce délai, des milieux de conservation spécifiques peuvent être nécessaires pour éviter la prolifération ou la destruction des bactéries.

Le rôle du biologiste dans le protocole de la coproculture

Au cœur du protocole de coproculture, le biologiste joue un rôle clé : il conçoit les étapes de l’examen, en vérifie la qualité, et interprète les résultats finaux. Son expertise garantit à la fois la fiabilité du diagnostic et une orientation thérapeutique adaptée.

Comment le biologiste organise et valide chaque étape d’analyse

Le biologiste assure la mise en place de chaque phase du protocole de détection :

• Sélection des milieux de culture selon les germes suspects,
• Suivi de l’incubation et de la croissance des bactéries,
• Vérification des contrôles qualité internes pour chaque lot d’analyse.

Les outils de contrôle qualité pour détecter rapidement une infection

Afin de détecter rapidement une infection potentielle, le biologiste utilise :

• Des systèmes automatisés de lecture des cultures,
• Des tests rapides d’agglutination ou de biologie moléculaire,
• Un programme de contrôle externe comparant les résultats avec d’autres laboratoires.

Ces outils permettent de valider la fiabilité de l’examen et de donner un résultat précis au médecin.

Quelles analyses sont réalisées au laboratoire ?

Au laboratoire, les selles sont d’abord examinées de façon macroscopique (aspect, consistance, présence de sang, mucus, parasites visibles…) puis au microscope (examen microscopique direct des selles).

Ensuite, la coproculture proprement dite est réalisée. Elle consiste à ensemencer différents milieux de culture avec l’échantillon de selles, afin de favoriser la croissance des bactéries éventuellement présentes. Après 24 à 48h d’incubation, les colonies bactériennes sont identifiées.

Des tests d’identification plus poussés (agglutination, spectrométrie de masse, biologie moléculaire, antibiogramme) peuvent être réalisés dans un second temps si nécessaire pour préciser le diagnostic.

Une fois réceptionnés, les prélèvements subissent plusieurs examens  :

1. Examen macroscopique : on note l’aspect général des selles (couleur, consistance, présence éventuelle de sang ou de mucus).
2. Examen microscopique
   • Direct : réalisation d’un état frais, recherche de globules blancs (signe d’inflammation), de globules rouges, de levures, etc.
   • Coloration de Gram : pour observer la morphologie des bactéries et repérer un éventuel déséquilibre de la flore.
3. Mise en culture (coproculture proprement dite)
   • Les selles sont ensemencées sur différents milieux de culture sélectifs, en fonction des bactéries recherchées.
   • Après 24 à 48 h (parfois plus), on observe la croissance de colonies bactériennes qu’on identifie via des tests d’agglutination, de biologie moléculaire ou de spectrométrie de masse.
   • En cas de bactérie pathogène mise en évidence, on réalise un antibiogramme pour déterminer la sensibilité du germe aux antibiotiques.
4. Examen parasitologique (si prescrit)
   • Recherche de parasites visibles à l’œil nu (vers, anneaux de ténia) ou au microscope (Giardia, Entamoeba histolytica, etc.).
   • Possibilité d’examens complémentaires (méthode d’enrichissement, tests immunologiques, etc.).
5. Recherche de virus (Rotavirus, Norovirus, Adénovirus, etc.)
   • Réalisée surtout chez le nourrisson, la personne âgée ou en cas de diarrhée sévère justifiant une hospitalisation.
   • Méthodes de biologie moléculaire (PCR) ou tests rapides d’immuno-chromatographie.

Quels pathogènes recherche-t-on lors de cette analyse médicale ?

Une coproculture standard recherche les bactéries pathogènes les plus fréquemment responsables de diarrhées infectieuses et potentiellement graves.

Bactéries systématiquement recherchées

Les salmonelles – Salmonella

Les salmonelles sont des bacilles Gram négatif de la famille des Enterobacteriaceae. Elles sont responsables de gastro-entérites, avec possibilité de bactériémie chez les patients fragiles. La contamination est souvent alimentaire (œufs, volailles…).

Les shigelles – Shigella

Les shigelles sont des bacilles Gram négatif de la famille des Enterobacteriaceae. Elles provoquent des diarrhées invasives avec symptômes dysentériques (glaires, sang dans les selles). La transmission est féco-orale interhumaine.

Le campylobacter

Le campylobacter est un bacille Gram négatif incurvé, responsable de diarrhées fébriles. C’est une zoonose, l’homme se contaminant par voie alimentaire au contact d’animaux porteurs (volailles en particulier).

Yersinia enterocolitica

Yersinia enterocolitica est un bacille Gram négatif qui provoque des gastro-entérites potentiellement sévères chez l’enfant (pseudo-appendicite). La contamination est digestive (aliments, eau).

Bactéries et parasites recherchés selon le contexte

En fonction du contexte (voyage, terrain fragile, épidémie…), la recherche peut être élargie à d’autres pathogènes.

Bactéries

• Escherichia coli entéro-hémorragiques : sérotypes d’E. coli producteurs de shiga-toxines (STEC), responsables de colites hémorragiques et du syndrome hémolytique et urémique chez l’enfant.
• Vibrio cholerae et Vibrio parahaemolyticus : bacilles Gram négatif, agents du choléra et de gastro-entérites chez les voyageurs ou consommateurs de fruits de mer.
• Clostridium difficile, qui libère des toxines susceptibles d’entraîner des formes graves de colite (colite post-antibiotique).
• Staphylocoques si toxi-infection alimentaire.

Parasites

Certains parasites responsables de diarrhées invasives peuvent aussi être recherchés :

• Amibes, en particulier Entamoeba histolytica
• Schistosomes agents de bilharziose intestinale

Examens complémentaires

Des examens complémentaires peuvent être associés à la coproculture selon l’orientation clinique :

• Parasitologie des selles (recherche d’oeufs, kystes ou formes végétatives)
• Recherche de virus (Rotavirus, Adenovirus…) par PCR

L’ensemble de ces analyses permet de faire un diagnostic étiologique des diarrhées.

Comment interpréter les résultats d’une coproculture ?

Coproculture négative

• Un résultat négatif n’exclut pas forcément une origine infectieuse non bactérienne (virus, parasite…) ou une pathologie non infectieuse (maladie inflammatoire de l’intestin, par exemple).
• Le médecin pourra prescrire d’autres examens (parasitologie, PCR virale, bilan inflammatoire…) si les symptômes persistent.

Coproculture positive

• Si une bactérie pathogène est isolée, le laboratoire réalisera un antibiogramme pour déterminer la sensibilité de la souche à divers antibiotiques.
• Le médecin pourra alors adapter les antibiotiques, et recommander des mesures d’hygiène (lavage des mains, désinfection des sanitaires…) pour éviter la propagation de l’infection.
• Dans certains cas, il pourra être demandé de répéter la coproculture afin de contrôler l’efficacité du traitement.

Que faire après une coproculture positive ?

Si votre coproculture met en évidence une bactérie potentiellement responsable de votre diarrhée, un traitement antibiotique adapté vous sera généralement proposé par votre médecin, guidé par l’antibiogramme.

Quelques conseils à suivre en cas de coproculture positive :

• Respectez bien la prescription d’antibiotiques (posologie, durée), même si la diarrhée diminue rapidement.
• Appliquez des mesures d’hygiène pour limiter la transmission : lavage des mains, désinfection des sanitaires, éviction de certaines activités (restauration, piscine…).
• Surveillez l’évolution clinique, n’hésitez pas à reconsulter en cas de persistance des symptômes malgré le traitement.
• Hydratez-vous abondamment, la déshydratation est le principal risque des diarrhées infectieuses. Utilisez des solutés de réhydratation orale si besoin.
• Revoyez avec votre médecin l’origine possible de cette diarrhée bactérienne pour la prévenir : voyage récent, hygiène, alimentation à risque, antibiothérapie, hospitalisation…

Parfois des examens complémentaires peuvent aussi être nécessaires (exploration digestive, bilan immunitaire…) notamment si les diarrhées récidivent.

La coproculture est-elle douloureuse ? Y a-t-il des contre-indications ?

Le prélèvement de selles pour une coproculture est totalement indolore et sans risque, il s’agit juste de récupérer un échantillon de vos selles dans un récipient.

Il n’y a pas de réelle contre-indication à la réalisation d’une coproculture. Il est juste recommandé si possible d’effectuer le prélèvement avant tout traitement antibiotique, qui risquerait de fausser les résultats. Si un traitement est en cours, informez-en le laboratoire.

Chez les jeunes enfants encore porteurs de couches, le mode de recueil est un peu différent, il se fait directement dans la couche. Demandez conseil à votre laboratoire.

Combien coûte une coproculture ? Est-elle remboursée ?

En France, une coproculture standard coûte environ 15 à 20 €. Elle est prise en charge à 60% par l’Assurance Maladie sur prescription médicale, le reste étant généralement couvert par les mutuelles.

Des examens complémentaires (recherche de pathogènes supplémentaires, antibiogramme) peuvent majorer le prix, renseignez-vous auprès de votre laboratoire. Les conditions de remboursement restent les mêmes.

En combien de temps a-t-on les résultats d’une coproculture ?

Les résultats d’une coproculture sont en général disponibles en 3 à 5 jours ouvrables.

Un premier résultat peut parfois être donné dans les 12h s’il y a rapidement des cultures positives, mais il doit être confirmé ensuite. Certaines bactéries très pathogènes (Salmonelle, Shigelle) font l’objet d’un signalement accéléré au prescripteur dès leur mise en évidence.

Le compte-rendu mentionne les bactéries pathogènes retrouvées ou leur absence. Il peut être complété par un antibiogramme précisant les antibiotiques actifs sur les bactéries identifiées.

Parfois la culture est négative mais l’examen microscopique direct des selles retrouve des signes d’inflammation, des leucocytes ou des parasites. Cela peut orienter vers une diarrhée inflammatoire non bactérienne ou parasitaire.

L’interprétation des résultats doit toujours être correlée au contexte clinique. C’est la synthèse de l’ensemble des données qui permettra de poser le diagnostic et de guider le traitement.

N’hésitez pas à contacter le laboratoire Bio Ard’Aisne pour tout renseignement sur les délais et les modalités de rendu des résultats.

Conclusion

La coproculture est un examen essentiel pour identifier l’origine bactérienne ou parasitaire d’une diarrhée infectieuse.

Réalisée par un laboratoire de biologie médicale, dans des conditions de prélèvement et d’acheminement optimales, elle permet de mettre en évidence les pathogènes responsables et d’orienter le traitement antibiotique ou antiparasitaire le plus adapté.

Le Laboratoire Bio Ard’Aisne, expert dans la réalisation de cet examen de biologie médicale important, est à votre disposition pour toute question complémentaire.