La coproculture via un prélèvement de selles

La coproculture est un examen de laboratoire très courant qui consiste à analyser un prélèvement de selles.

Le laboratoire Bio Ard’Aisne réalise cet examen de biologie médicale incontournable et vous explique dans cet article tout ce que vous devez savoir : son intérêt, comment bien réaliser le prélèvement à domicile dans un pot stérile, et comment interpréter les résultats avec votre médecin.

La coproculture est indispensable pour diagnostiquer de nombreux troubles digestifs.

Qu’est-ce qu’une coproculture ?

Une coproculture consiste à mettre en culture un échantillon de selles en laboratoire afin de rechercher la présence de certaines bactéries pathogènes dans la flore intestinale. Cet examen peut mettre en évidence des bactéries responsables d’infections comme Salmonella, Shigella ou Clostridium difficile.

La coproculture fait partie des examens de base lorsqu’un patient présente une diarrhée aiguë, surtout si elle est sévère, s’accompagne de fièvre ou de sang dans les selles. Elle est souvent prescrite avec d’autres analyses comme l’examen parasitologique des selles pour vérifier aussi la présence de parasites.

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Pourquoi votre médecin a prescrit cet examen de la flore intestinale ?

Votre médecin vous prescrira une coproculture dans différents contextes :

  • En cas de diarrhée aiguë sévère, sanglante, fébrile ou nosocomiale (acquise à l’hôpital), pour rechercher une cause infectieuse et adapter le traitement antibiotique,
  • Lors d’une diarrhée persistante de plus de 3 jours ou chez une personne fragile (nourrisson, personne âgée, immunodéprimée),
  • En cas de diarrhée survenant au retour d’un voyage, surtout dans les pays où le risque alimentaire est élevé,
  • Parfois lors de douleurs abdominales chroniques, pour éliminer certains diagnostics,
  • Si une toxi-infection alimentaire collective est suspectée, pour identifier le pathogène responsable.

La coproculture n’est pas systématique pour toute diarrhée car la plupart sont d’origine virale et guérissent spontanément. Mais devant certains signes, cet examen est important à visée diagnostique et thérapeutique.

Comment prélever les selles à domicile ?

Le prélèvement pour coproculture doit être effectué dans un récipient stérile spécifique (appelé « pot stérile ») fourni par votre laboratoire d’analyses médicales.

Le matériel à préparer

  • Pot stérile fournit par le laboratoire. Il faudra l’ouvrir au dernier moment, et faire bien attention à ne pas toucher l’intérieur du pot ou du couvercle. Le pot contient une spatule, qui permettra de récupérer directement une partie des selles, pour remplir le pot.
  • En cas de prélèvement chez un nourrisson, utilisez un sac à collection fécale, à placer dans la couche.
  • Le laboratoire vous donnera également un écouvillon (« grand coton-tige ») et un tube qui permettra son transport une fois le prélèvement réalisé.
  • Le laboratoire vous donnera également une fiche à remplir et une pochette à ramener en même temps que le pot et le tube.

Recommendations avant le prélèvement

Si vous prenez des antibiotiques, votre examen sera faussé, et vous devrez refaire un prélèvement.
Vous devez donc prévenir le laboratoire si c’est le cas.

De même, si vous prenez des médicaments modifiants le transit, il faudra prévenir le laboratoire, car ces médicaments influent sur les résultats d’analyses.

Recommendations pour le prélèvement

Merci de bien lire toutes les instructions avant de commencer le prélèvement.

  • Lavez-vous soigneusement les mains avant de procéder au prélèvement.
  • Urinez si besoin avant le prélèvement pour ne pas contaminer les selles.

Le recueil des selles pour votre coproculture

  • Déféquez dans un récipient propre et sec (bassine, seau…) ou sur une grande feuille de papier. Évitez que les selles soient mélangées à l’eau des toilettes.
  • Prélevez rapidement différentes parties des selles à l’aide de la spatule fournie dans le pot : surfaces, parties molles et liquides si les selles sont diarrhéiques. Il faut remplir au moins 1/3 du pot et 2 à 3 « noix » minimum.
  • Retirez l’écouvillon et le tube du sachet.
  • Prélevez en tournant l’écouvillon dans les selles présentes dans le pot.
  • Insérez l’écouvillon dans le tube, et cassez ensuite la partie supérieure qui dépasse. La partie est sécable et devrait casser facilement.
  • Refermez bien le tube, en vissant le bouchon au maximum.
  • Identifiez le pot et le tube avec votre nom et prénom.
  • Complétez la fiche de renseignement.
  • Placez le tube et le pot dans la pochette, et glissez la fiche et votre ordonnance dans la poche latérale.

Si le prélèvement n’est pas fait au laboratoire, il faut le ramener votre prélèvement au laboratoire sous 2 heures en cas de diarrhée, et sous 6h pour les selles dures.

Comment se déroule une coproculture au laboratoire ?

Au laboratoire, les selles sont d’abord examinées de façon macroscopique (aspect, consistance, présence de sang, mucus, parasites visibles…) puis au microscope (examen microscopique direct des selles).

Ensuite, la coproculture proprement dite est réalisée. Elle consiste à ensemencer différents milieux de culture avec l’échantillon de selles, afin de favoriser la croissance des bactéries éventuellement présentes. Après 24 à 48h d’incubation, les colonies bactériennes sont identifiées.

Des tests d’identification plus poussés (agglutination, spectrométrie de masse, biologie moléculaire, antibiogramme) peuvent être réalisés dans un second temps si nécessaire pour préciser le diagnostic.

Quels pathogènes recherche-t-on lors de cette analyse médicale ?

Une coproculture standard recherche les bactéries pathogènes les plus fréquemment responsables de diarrhées infectieuses et potentiellement graves.

Bactéries systématiquement recherchées

Les salmonelles

Les salmonelles sont des bacilles Gram négatif de la famille des Enterobacteriaceae. Elles sont responsables de gastro-entérites, avec possibilité de bactériémie chez les patients fragiles. La contamination est souvent alimentaire (œufs, volailles…).

Les shigelles

Les shigelles sont des bacilles Gram négatif de la famille des Enterobacteriaceae. Elles provoquent des diarrhées invasives avec symptômes dysentériques (glaires, sang dans les selles). La transmission est féco-orale interhumaine.

Le campylobacter

Le campylobacter est un bacille Gram négatif incurvé, responsable de diarrhées fébriles. C’est une zoonose, l’homme se contaminant par voie alimentaire au contact d’animaux porteurs (volailles en particulier).

Yersinia enterocolitica

Yersinia enterocolitica est un bacille Gram négatif qui provoque des gastro-entérites potentiellement sévères chez l’enfant (pseudo-appendicite). La contamination est digestive (aliments, eau).

Bactéries et parasites recherchés selon le contexte

En fonction du contexte (voyage, terrain fragile, épidémie…), la recherche peut être élargie à d’autres pathogènes.

Bactéries

  • Escherichia coli entéro-hémorragiques : sérotypes d’E. coli producteurs de shiga-toxines (STEC), responsables de colites hémorragiques et du syndrome hémolytique et urémique chez l’enfant.
  • Vibrio cholerae et Vibrio parahaemolyticus : bacilles Gram négatif, agents du choléra et de gastro-entérites chez les voyageurs ou consommateurs de fruits de mer.
  • Clostridium difficile si suspicion de colite post-antibiotique.
  • Staphylocoques si toxi-infection alimentaire.

Parasites

Certains parasites responsables de diarrhées invasives peuvent aussi être recherchés :

  • Amibes, en particulier Entamoeba histolytica
  • Schistosomes agents de bilharziose intestinale

Examens complémentaires

Des examens complémentaires peuvent être associés à la coproculture selon l’orientation clinique :

  • Parasitologie des selles (recherche d’oeufs, kystes ou formes végétatives)
  • Recherche de virus (Rotavirus, Adenovirus…) par PCR

L’ensemble de ces analyses permet de faire un diagnostic étiologique des diarrhées.

Comment interpréter les résultats d’une coproculture ?

Les résultats de la coproculture doivent toujours être interprétés en fonction du contexte clinique et épidémiologique, en lien avec votre médecin.

En cas de coproculture négative (absence de bactérie pathogène), cela ne veut pas dire qu’il n’y a pas d’infection. La diarrhée peut être d’origine virale, parasitaire ou non infectieuse. D’autres examens complémentaires peuvent être proposés.

En cas de coproculture positive (présence d’une bactérie pathogène), cela confirme l’origine bactérienne de la diarrhée. Une antibiothérapie adaptée aux résultats de l’antibiogramme pourra alors être initiée par votre médecin. Des mesures d’hygiène et de prévention de la transmission seront également préconisées.

La coproculture est-elle douloureuse ? Y a-t-il des contre-indications ?

Le prélèvement de selles pour une coproculture est totalement indolore et sans risque, il s’agit juste de récupérer un échantillon de vos selles dans un récipient.

Il n’y a pas de réelle contre-indication à la réalisation d’une coproculture. Il est juste recommandé si possible d’effectuer le prélèvement avant tout traitement antibiotique, qui risquerait de fausser les résultats. Si un traitement est en cours, informez-en le laboratoire.

Chez les jeunes enfants encore porteurs de couches, le mode de recueil est un peu différent, il se fait directement dans la couche. Demandez conseil à votre laboratoire.

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Combien coûte une coproculture ? Est-elle remboursée ?

En France, une coproculture standard coûte environ 15 à 20 €. Elle est prise en charge à 60% par l’Assurance Maladie sur prescription médicale, le reste étant généralement couvert par les mutuelles.

Des examens complémentaires (recherche de pathogènes supplémentaires, antibiogramme) peuvent majorer le prix, renseignez-vous auprès de votre laboratoire. Les conditions de remboursement restent les mêmes.

En combien de temps a-t-on les résultats d’une coproculture ?

Les résultats d’une coproculture sont en général disponibles en 3 à 5 jours ouvrables.

Un premier résultat peut parfois être donné dans les 12h s’il y a rapidement des cultures positives, mais il doit être confirmé ensuite. Certaines bactéries très pathogènes (Salmonelle, Shigelle) font l’objet d’un signalement accéléré au prescripteur dès leur mise en évidence.

Le compte-rendu mentionne les bactéries pathogènes retrouvées ou leur absence. Il peut être complété par un antibiogramme précisant les antibiotiques actifs sur les bactéries identifiées.

Parfois la culture est négative mais l’examen microscopique direct des selles retrouve des signes d’inflammation, des leucocytes ou des parasites. Cela peut orienter vers une diarrhée inflammatoire non bactérienne ou parasitaire.

L’interprétation des résultats doit toujours être correlée au contexte clinique. C’est la synthèse de l’ensemble des données qui permettra de poser le diagnostic et de guider le traitement.

N’hésitez pas à contacter le laboratoire Bio Ard’Aisne pour tout renseignement sur les délais et les modalités de rendu des résultats.

Que faire après une coproculture positive ?

Si votre coproculture met en évidence une bactérie potentiellement responsable de votre diarrhée, un traitement antibiotique adapté vous sera généralement proposé par votre médecin, guidé par l’antibiogramme.

Quelques conseils à suivre en cas de coproculture positive :

  • Respectez bien la prescription d’antibiotiques (posologie, durée), même si la diarrhée diminue rapidement.
  • Appliquez des mesures d’hygiène pour limiter la transmission : lavage des mains, désinfection des sanitaires, éviction de certaines activités (restauration, piscine…).
  • Surveillez l’évolution clinique, n’hésitez pas à reconsulter en cas de persistance des symptômes malgré le traitement.
  • Hydratez-vous abondamment, la déshydratation est le principal risque des diarrhées infectieuses. Utilisez des solutés de réhydratation orale si besoin.
  • Revoyez avec votre médecin l’origine possible de cette diarrhée bactérienne pour la prévenir : voyage récent, hygiène, alimentation à risque, antibiothérapie, hospitalisation…

Parfois des examens complémentaires peuvent aussi être nécessaires (exploration digestive, bilan immunitaire…) notamment si les diarrhées récidivent.

Conclusion

La coproculture est un examen essentiel pour identifier l’origine bactérienne ou parasitaire d’une diarrhée infectieuse.

Réalisée par un laboratoire de biologie médicale, dans des conditions de prélèvement et d’acheminement optimales, elle permet de mettre en évidence les pathogènes responsables et d’orienter le traitement antibiotique ou antiparasitaire le plus adapté.

Le Laboratoire Bio Ard’Aisne, expert dans la réalisation de cet examen de biologie médicale important, est à votre disposition pour toute question complémentaire.